Mercedes y su hermana Pepita se encontraron en el convento de Santa Inés con veinte niñas más, la mayoría ya adolescentes. Eran de las más pequeñas, por lo que la madre Abadesa las agrupó con otras tres de la misma edad y las puso bajo el cuidado de la hermana sor Rosa Robles. Esta religiosa fue la amiga y confidente de Mercedes, la que la orientó hacia la vida religiosa y, sobre todo, la que le inculcó el amor a Jesús y el acercamiento hacia el sagrario.
Por más que hacían las monjas por ella, y las continuas visitas de sus familiares que le llevaban muchos y diferentes regalos, parecía no ser suficiente para quitar de la cabeza a Mercedes, la idea de volver a su casa. Sor Rosa, con mucho sentido maternal y una pedagogía intuitiva, fue ganando lentamente a la niña guiándola hacia una religiosidad auténtica, haciéndole ver, que en la lucha y tras la lucha por conseguir algo, siempre debe estar la aceptación de la voluntad de Dios.
Tal era la pena de Mercedes, que ansiaba con todas sus fuerzas que su madre regresase de nuevo a la vida, un día, les dijo sor Rosa a ella y su hermana: Id al corredor más alto, rezad el santo Rosario con mucha devoción mirando al Cielo… y si no baja, es porque su mamá estará en el cielo muy contenta con el Señor, que le habrá aplicado vuestras penitencias y oraciones y le ha dado tanta gloria que ya no quiere bajar a la tierra, os espera en el cielo…
La esperanza de la resurrección de la madre se desvaneció el día de la Ascensión, al comprobar, que no bajaba del cielo, pero en Mercedes quedó un poso que supo aprovechar durante el resto de su vida: la oración, el sacrificio, la búsqueda y entrega a Jesús Niño, el encuentro con la Santísima Virgen y sentida como madre.
Ante la impotencia de poder arreglar el problema familiar, su padre contrajo nuevamente matrimonio, y Mercedes se fue metiendo, casi sin darse cuenta, en otro mundo. El niño Jesús, la seducía, la arrastraba, la llevaba hacia el sagrario, y allí, tras las rejas del coro, por tratarse de un convento de clausura, Mercedes le llamaba, le daba golpecitos para que saliera a estar con ella. Era la oración de una niña enamorada de Jesús bajo las especies sacramentales, que estaba muy convencida de que allí estaba Jesús esperándole y acudía llena de fe y de amor, y se sentía cada vez más feliz en este encuentro.
Por fin llegó para Mercedes el día tan temido. Su padre se casó con Victoria el 15 de junio de 1890. Tanto Pepita como ella, al enterarse de la noticia, corrieron a desahogarse ante la imagen de Virgen de Belén y allí se lamentaban. En esos momentos, sintió que la Virgen la aliviaba a la vez que le daba su Hijo y le decía:
«Este será tu Esposo a quien te entregarás con todo el amor de tu corazón, y él te dará esa fecundidad espiritual que de tus sacrificios y dolores espera Jesús para su gloria muchas almas que le sigan y amen.»
Fue este un momento crucial en la vida de Mercedes. La desilusión por la boda de su padre reavivó ese amor que venía sintiendo por el Niño Jesús y nació el deseo de ser solo suya. Cristo sin duda la llamaba y ella respondía. La vocación al estado religioso empezaba a ser ya una realidad. Será dos meses después, concretamente el 12 de agosto de 1890, cuando Mercedes, con tan solo once años y medio, siente fuertemente la llamada de Jesús y se ofrece con voto de castidad a Él para siempre.
Siguiendo esta trayectoria de ser únicamente para Jesús y con la ayuda de las monjas y de la dirección espiritual, que inició en Santa Inés y no descuidó en el resto de su vida, iba preparándose Mercedes para consagrarse como monja de clausura cuando cumpliese la edad canónica.
El 21 de noviembre de 1892 la abuela sacó a Mercedes de Santa Inés, tenía entonces trece años y diez meses, su hermana Pepita permaneció allí dos años más.
